En avril 2004, le CNRGH a été l'un des premiers sites à mettre en place des analyses SNP (Single Nucleotide Polymorphism) sur une plateforme Illumina totalement automatisée. Le « Beadlab » est constitué d'un laboratoire PRE- et d'un laboratoire POST-PCR distincts, comportant des systèmes de ventilation et de climatisation indépendants. Il est actuellement équipé de 6 robots de pipetage Tecan et de 3 iScans +.
 Lecture des lames sur scanner |
Quatre techniciens travaillent dans ces deux laboratoires sous le contrôle d'un responsable de plateforme. Les étapes du protocole « Infinium Assay » sont totalement tracées par un LIMS (Laboratory Information Management System) de la plaque d'ADN, en passant par les étapes robotiques et jusqu'aux lectures sur les scanners. Les données produites sont vérifiées par l'équipe de contrôle qualité ce qui participe à la génération de génotypes de très haute qualité. Le temps de traitement des lames est de 3 jours, incluant l'étape d'hybridation qui se déroule pendant la nuit. Plusieurs lots de 96 échantillons d'ADN sont traités simultanément chaque jour. Le débit actuel est de 1200 échantillons d'ADN par semaine, ce qui correspond à la production de plus de 2.000.000.000 de génotypes par semaine.
Infinium Assay
La technologie d'analyse globale du génome « Infinium Assay » est basée sur l'hybridation de l'ADN à des billes magnétiques déposées sur une lame et sur l'élongation d'une seule base spécifique, complémentaire de l'allèle interrogé. Au CNRGH, nous utilisons des lames « haute densité » (~250K à 5M de marqueurs): Human Core, OmniExpress, Omni2.5 et Omni 5.0. Les SNP présélectionnés répartis sur l'ensemble du génome sont utilisés pour réaliser des études d'association ainsi que des études sur la variabilité du nombre de copies.
 Préparation des lames | D'autres puces permettent d'interroger plus particulièrement les régions exoniques ou le niveau de méthylation des sites CpG: Human Exome, Human Core Exome, EPIC. Nous réalisons également des panels Illumina iSelect, ce qui permet de créer notre propre sélection de SNP à cribler avec le protocole Infinium Assay pour l'étude des génomes de bovins, porcins, d'espèces végétales, ou l'analyse génétique des maladies cardiovasculaires, Alzheimer, cancers etc. |