AUTRES PROGRAMMES

Programme de coopération franco-japonaise :

Variation génétique et maladies

Partenaires

Centre National de Génotypage , Evry, France (CNG)
Centre du Génome Humain de l’Université de Tokyo, Japon (CGHT)

Résumé

Le programme international Génome Humain va établir la séquence de référence complète du génome humain dans moins de deux ans, permettant l’identification de tous les gènes présents dans le génome. Pour chaque individu, de nombreuses différences existent entre la séquence provenant de son propre ADN et la séquence de référence - en moyenne d’une base toutes les 1000 bases - mais l’origine ethnique et la région du génome étudiée modifient la fréquence des différences.

Le programme de coopération franco-japonaise vise à établir une carte des variantes génétiques de troisième génération et à vérifier leur implication dans les différences inter-individuelles dans la prédisposition aux maladies ou à certains traits phénotypiques.

La découverte de variantes génétiques et leur association avec les maladies constitutent au plan international les programmes majeurs de recherche post-génomique.

Objectifs

Répertorier les variantes génétiques de 15 000 gènes dans les populations

• japonaise
• européenne
• africaine

Méthode : Les variantes génétiques sont mises en évidence par comparaison des séquences obtenues par séquençage direct des fragments d’ADN amplifiés chez 32 individus pour chaque population. Les amorces d’oligonucléotides synthétisées pour le criblage couvrent les exons, une partie des introns et les promoteurs des 15 000 gènes étudiés.

Développer des technologies de génotypage SNP. Des plates-formes de génotypage à haut débit sont développées par les deux centres avec l’objectif d’augmenter le débit actuel et de diminuer le coût de production. Le CNG a mis en place une plate-forme de génotypage par spectrométrie de masse en MALDI-TOF. Le CNG et le CGHT étudient d’autres approches technologiques avec des partenaires extérieurs.

Etudier les associations entre les variantes génétiques et les maladies. Le CNG et CGHT collaborent avec plusieurs groupes pour l’établissement de grandes cohortes de patients atteints de pathologies communes, telles que l’asthme, les complications du diabète et l’infarctus du myocarde. L’analyse de l’association de variantes génétiques d’un gène à une maladie sera ainsi réalisée dans deux ou plusieurs populations.

Créer de nouveaux programmes d’analyse et mettre en place une base de données SNP. De nouveaux logiciels pour la gestion et l’analyse des données de séquençage sont développés au CNG ainsi que pour l’analyse de déséquilibre de liaison et pour la prédiction de l’impact fonctionnel des variantes génétiques.

Etablir les ressources pour l’analyse du transcriptome. Il s’agit d’établir des ressources d’ADNc et les plates-formes pour les études de profil de transcriptome. Le CGHT fournira un jeu d’oligonucléotides et d’ADNc de souris testé correspondant à 30 000 gènes, destiné à alimenter les plates-formes de séquençage du Génoscope-CNS, l’objectif étant d’identifier un grand nombre de clones non-redondants. D’autres banques de tissus spécifiques de souris et de rat (par exemple d’ilôts de Langerhans) pourront également être fournies ultérieurement.